Hijo del tercer conde de Cabra, Diego Fernández de Córdoba, y de su segunda esposa, Francisca de Zúñiga y de la Cerda, nació en Baena, villa de señorío de su padre. Tras la muerte de dos de sus tres hermanos mayores, quedó segundón de la familia y su destino marcado hacia la carrera eclesiástica, en que habría de seguir los pasos de su tío, Francisco de Mendoza, por entonces canónigo doctoral y maestrescuela de Córdoba. El 1 de febrero de 1517 su padre lograba la bula de confirmación pontificia de la magna capellanía o abadía que había fundado en Rute, siendo él nombrado primer abad de la misma. Durante estos años cursó sus estudios en Derecho en Salamanca, doctorándose. El 26 noviembre de 1523, de regreso en Córdoba, tomó posesión del obispado en nombre de fray Juan de Toledo, partiendo después hacia Italia. [...]