Nació en el seno de una familia de impresores sevillanos, siendo sus padres Diego Pérez Núñez de Ojeda y Leonor de Carvajal. Pasó a Indias alrededor de 1588-1589, cuando aún era adolescente, al haberse presentado obstáculos a su vocación religiosa, ya fuera la oposición de sus padres o, como sugieren algunos autores, un origen judeoconverso. Llegado a Lima, ingresó en el noviciado de los dominicos y fue admitido a la profesión el 1 de abril de 1591. Los tiempos eran conflictivos. El convento del Rosario, que albergaba en esos momentos unos ciento treinta frailes, fue escenario de una confrontación entre los grupos de fray Domingo de Valderrama y fray Agustín Montes (quienes habían sido provinciales) y de fray Salvador de Ribera, provincial desde 1594, quien llevó a cabo un saneamiento considerado excesivamente estricto por Roma. Hojeda, al que los testimonios describen como un fraile de extremo celo y rigor, se encontraba en la línea de este último, lo cual tendría consecuencias futuras. Esto no le impidió dejar sentados, en el capítulo de culpas, reproches contra el provincial cuando éste dejó de serlo para convertirse en prior. Los provinciales siguientes, Lorenzana y Francisco de la Vega —este último, maestro y protector de Hojeda—, siguieron la misma línea que Ribera. [...]