Hermano de Juan Villela de Aldana y de Gaspar de Mercado, fue su mujer Beatriz de Tovar, con la que no tuvo descendencia. Según algunos autores, su primo era el poeta Francisco Villela de Aldana, muerto en Alcazarquivir en 1578. En la expedición a Hungría participó su primo Francisco de Aldana. No se sabe si las dos personas eran en realidad la misma.

Poseía la tenencia de Sedella, de 100.000 maravedís de valor, recibida el 11 de febrero de 1548 por los servicios prestados a Carlos V en la guerra de Esmalkalda. En el verano de 1548, por mandato de Carlos V, entró al servicio de Fernando I, rey de Hungría y Bohemia. Fue nombrado maestre de campo y disponía sobre mil cuatrocientos soldados españoles repartidos en siete compañías. Aldana y su tercio participaron en la expedición dirigida por Niklas graf zu Salm contra unos oligarcas del norte de Hungría, en las tierras de la actual República de Eslovaquia. Asimismo, jugaron un papel decisivo en la ocupación de los castillos de Szitnya, Csábrág y Murány (Sitno, Čabradsky Vrbovok, Muran, Eslovaquia). En 1550-1551 el tercio de Aldana llegó al castillo de Szolnok (Hungría) y participó en el reforzamiento del mismo en su posición estratégica contra la expansión otomana. En 1549, en Nyírbátor (Hungría), los representantes de Fernando I llegaron a un acuerdo con los de la viuda de Juan Szapolyai para unificar la Hungría partida en dos, y en 1551 Giovanni Batista Castaldo fue nombrado jefe general para ejecutar la unificación del país. Aldana y su tercio formaban parte del ejército reducido de Castaldo. La intervención militar de Castaldo provocó el contraataque inmediato del Imperio otomano. Aldana estuvo encargado de ayudar en la defensa de los castillos situados entre el rio Tisza y Transilvania. Su tercio fue repartido en diferentes fortalezas, como Szolnok, Temesvár, Lippa (Timisoara, Lipova, Rumanía)... Junto con István (Esteban) Losonczy, Bernardo Villela de Aldana fue nombrado co-capitán de Temesvár, castillo muy importante de la región. A comienzos de 1552 se convocaron diferentes fuerzas de húngaros, racianos (serbios) y españoles para organizar un ataque sorpresa contra Szeged (Hungría), ciudad en manos de los turcos. Aldana se encargó de dirigir dicho ataque, pero la batalla del 1 de marzo de 1552 acabó con una derrota. [...]