Hijo de Manuel I de Portugal el Afortunado e Isabel de Castilla, princesa de Asturias. El primero era rey de Portugal (entre 1495 y 1521) e hijo de Juan II y Beatriz de Portugal. La segunda era la hija primogénita de Isabel I de Castilla (1469-1504) y Fernando II de Aragón (1479-1516), los llamados Reyes Católicos. Isabel era la llamada a ser la heredera de los territorios de sus padres después del fallecimiento del príncipe Juan en 1497. Tanto ella como su marido Manuel habían sido jurados herederos de los reinos hispánicos en 1498 (primero en Toledo y a continuación en Zaragoza). Fue en la ciudad maña donde nació el 24 de agosto Miguel. Sin embargo, Isabel murió en el parto y los derechos pasaron a su hijo.

Por ende, Miguel estaba llamado a ser rey de las coronas de Castilla, Aragón y Portugal, es decir, de todos los principales reinos peninsulares a excepción de Navarra, anexionada a Castilla en 1512. Poco después de nacer, fue jurado heredero al trono aragonés en las Cortes de Zaragoza de septiembre de 1498; posteriormente fue nombrado por las Cortes castellanas de Ocaña (enero de 1499) como príncipe de Asturias. En aquel mismo año, también fue jurado en Lisboa. Estas ceremonias quedarían en papel mojado en cuestión de meses. Todo estaba preparado para una triple herencia ibérica, si bien es cierto que con una larga minoría de edad por delante. Además, si nacía un varón de los Reyes Católicos, Miguel quedaría relegado de su privilegiada posición. [...]